Từ Thời kỳ đồ đá cũ, vùng đất này đã có người sinh sống và đến thời Nhà Tần, nó được sáp nhập lần đầu vào Trung Hoa rồi được Nhà Đường và Nhà Tống sử dụng làm một trạm thương mại và căn cứ hải quân. Theo tài liệu lưu trữ, vào năm 1513, Jorge Álvares - một thủy thủ người Bồ Đào Nha - là người châu Âu đầu tiên đến đây. Mối liên lạc với Vương quốc Liên hiệp Anh và Bắc Ireland được thiết lập sau khi Công ty Đông Ấn Anh thành lập một trạm buôn bán ở thành phố Quảng Châu gần đó.

Năm 1839, việc triều đình Nhà Thanh từ chối nhập khẩu nha phiến đã dẫn đến Chiến tranh Nha phiến giữa Trung Quốc và Vương quốc Anh. Ban đầu đảo Hồng Kông bị các lực lượng Anh chiếm vào năm 1841 và đến cuối cuộc chiến chính thức được nhượng cho Anh theo Hiệp ước Nam Kinh. Anh đã thiết lập một Thuộc địa trực thuộc Anh (Crown Colony) với việc thành lập Thành phố Victoria một năm sau. Năm 1860, sau khi Trung Quốc thất bại trong Chiến tranh Nha phiến thứ 2, Bán đảo Cửu Long (Kowloon) phía Nam Phố Boundary và Đảo Stonecutter đã được nhượng vĩnh viễn cho Vương quốc Anh theo Hiệp định Bắc Kinh. Năm 1898, Nhà Thanh cho Anh thuê các đảo gần đấy và Đảo Lantau với thời hạn 99 năm, từ đó đảo có tên là Tân Giới.

Ngày 8 tháng 12 năm 1941, Đế quốc Nhật Bản đã xâm lược Hồng Kông như một phần của chiến dịch quân sự trong Chiến tranh thế giới lần thứ hai. Trận chiến Hồng Kông kết thúc với việc các lực lượng bảo hộ Anh và Canada giao nộp quyền kiểm soát thuộc địa này cho Nhật Bản ngày 25 tháng 12. Trong thời kỳ Nhật Bản chiếm đóng Hồng Kông, người dân ở đây đã phải gánh chịu nạn thiếu lương thực do sự áp đặt khẩu phần gây ra và nạn siêu lạm phát do áp đặt tỷ giá của quân đội Nhật. Năm 1945, khi Vương quốc Liên hiệp Anh và Bắc Ireland tiếp tục kiểm soát thuộc địa này sau thất bại của Nhật Bản trong cuộc chiến, dân số Hồng Kông còn khoảng 600 nghìn so với 1,6 triệu người trước khi Nhật xâm chiếm.

Dân số Hồng Kông phục hồi nhanh chóng sau chiến tranh, khi một làn sóng dân nhập cư từ đại lục đến để tị nạn khỏi cuộc Nội chiến Trung Quốc đang diễn ra giữa Mao Trạch Đông và Tưởng Giới Thạch. Với sự thành lập nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa năm 1949, nhiều người nhập cư tìm đến Hồng Kông vì sợ sự ngược đãi của Đảng Cộng sản Trung Quốc. Nhiều công ty ở Thượng Hải và Quảng Châu cũng chuyển đến Hồng Kông. Thuộc địa này đã trở thành nơi liên lạc duy nhất giữa Trung Quốc và thế giới phương Tây khi chính quyền mới ở Trung Quốc tăng cường cô lập đất nước khỏi ảnh hưởng từ bên ngoài. Thương mại với đại lục bị gián đoạn trong thời kỳ Chiến tranh Triều Tiên khi Liên Hiệp Quốc đã ra lệnh cấm vận thương mại đối với Trung Quốc.

Ngành dệt và chế tạo đã phát triển với sự trợ giúp của sự tăng trưởng dân số và giá nhân công thấp. Khi Hồng Kông được công nghiệp hóa nhanh, nền kinh tế của Hồng Kông đã được thúc đẩy nhờ xuất khẩu ra thị trường quốc tế. Mức sống tăng ổn định cùng với sự tăng trưởng công nghiệp. Việc xây dựng Shek Kip Mei Estate năm 1953 đánh dấu sự bắt đầu của chương trình public housing estate (khu chung cư công cộng). Hồng Kông bị phá hoại bởi những hỗn loạn trong các cuộc bạo loạn năm 1967. Những người cánh tả thân cộng sản, với cảm hứng từ cuộc Cách mạng Văn hóa ở đại lục, đã biến một cuộc tranh chấp lao động thành một cuộc nổi dậy bạo động chống lại chính quyền thuộc địa kéo dài cho đến cuối năm.

Được thành lập năm 1974, Ủy ban Độc lập chống Tham nhũng đã làm giảm mạnh mẽ nạn tham nhũng của chính quyền. Khi Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa khởi xướng một công cuộc cải cách kinh tế năm 1978, Hồng Kông đã trở thành một nguồn đầu tư nước ngoài chủ yếu cho đại lục. Một Đặc khu Kinh tế đã được thành lập năm sau ở Thâm Quyến, một thành phố nằm ở ngay phía Bắc của biên giới của đại lục với Hồng Kông. Nền kinh tế của Hồng Kông đã dần thay thế từ ngành dệt may và chế tạo bằng dịch vụ, khi các lĩnh vực tài chính và ngân hàng đã trở nên chiếm ưu thế ngày càng tăng. Sau cuộc Chiến tranh Việt Nam kết thúc năm 1975, chính quyền Hồng Kông đã trải qua 25 năm xử lý vấn đề hồi hương người tị nạn Việt Nam.

Khi thời hạn cho thuê Tân Giới chuẩn bị kết thúc trong hai thập kỷ, chính phủ hai nước Trung Quốc và Anh đã thảo luận vấn đề chủ quyền Hồng Kông vào thập niên 1980. Năm 1984, hai nước đã ký Tuyên bố chung Trung-Anh, đồng ý chuyển chủ quyền Hồng Kông cho Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa năm 1997. Tuyên bố này quy định rằng Hồng Kông sẽ được quản lý như một đặc khu hành chính, được giữ lại các luật lệ của mình và một mức độ tự trị cao trong 50 năm sau khi chuyển giao. Do thiếu tin tưởng vào thỏa thuận này, nhiều cư dân của Hồng Kông đã chọn di cư khỏi Hồng Kông, đặc biệt sau Sự kiện Quảng trường Thiên An Môn năm 1989.

Nền kinh tế của Hồng Kông đã chịu ảnh hưởng của khủng hoảng tài chính châu Á năm 1997. Dịch cúm gia cầm do H5N1 gây ra cũng xuất hiện ở Hồng Kông vào năm đó. Việc thực hiện Airport Core Programme dẫn đến việc khai trương Sân bay Quốc tế Hồng Kông mới năm 1998, sau 6 năm xây dựng. Dự án này là một phần của Chiến lược Phát triển Cảng và Sân bay đầy tham vọng được dự thảo trong thập niên 1980.

Việc bùng phát Hội chứng Viêm đường Hô hấp Cấp (SARS) đã bùng phát tại Hồng Kông nửa đầu năm 2003. Năm đó, một nửa triệu người tham gia vào cuộc tuần hành biểu thị phản đối chính quyền của Đổng Kiến Hoa và đề xuất thi hành Điều 23 Luật Cơ bản, mà trước đó đã nêu lên các quan ngại về sự vi phạm các quyền và sự tự do. Đề xuất này sau đó bị chính quyền Hồng Kông huỷ bỏ. Năm 2005, Đổng Kiến Hoa đệ đơn từ chức Trưởng Đặc khu. Donald Tsang, Ti trưởng Ti Hành chính, đã được chọn làm Trưởng Đặc khu để hoàn thành nốt nhiệm kỳ của Đổng Kiến Hoa